Als Leon im Dorf "Pueblo" nach der entführten Präsidententochter Ashley Graham suchte, war er nicht die einzige, fremde Person in dem spanischen Dorf. Neben ihn war auch jemand anderes im Dorf unterwegs - Ada Wong.

Ada Wong war einst eine Spionin, die in den letzten Stunden von Raccoon City eine Probe des G-Virus aus dem unterirdischen Umbrella-Labor stehlen konnte. Sie traf unerwartet auf Leon S. Kennedy, dem sie eine falsche Geschichte erzählte, in dem sie sich als Zivilistin auf der Suche nach ihrem Geliebten ausgab. Die ganze erfundene Geschichte diente nur dazu, um ihre wahren Ziele zu verschleiern. Zuerst hat sie Leon nur als Mittel zum Zweck benutzt, doch der Charme von Leon sorgte am Ende dafür, dass etwas zwischen den beiden entstand. Am Ende gelang es Ada, den G-Virus sicherzustellen und Leon das Leben zu retten. Allerdings wurde sie stark verwundet und so war es Albert Wesker, der ihr Leben rettete.

Sechs Jahre später bot Wesker Ada die Mitgliedschaft in seiner Organisation an, der "Third Organisation". Ada sollte eine Probe des Kontroll-Plaga beschaffen und stieß während ihrer Forschungen auf eine E-Mail von Luis Sera, der einen Freund um Hilfe bat, beim Ausstieg aus der Sekte, die bekannt wurde als "Los Illuminados".

Ada versprach Luis Schutz, im Gegenzug sollte er ihr die Probe mit dem Kontroll-Plaga beschaffen und Luis willigte letzten Endes ein. In der Zwischenzeit traf Ada auf Leon und ihre Gefühle für ihn wurden neu entfacht, stellten sie aber auch vor neue Probleme, denn Wesker hat Ada befohlen, Leon bei Sichtkontakt zu töten.

Adas Pläne wurden durch den Tod von Luis, verübt durch Osmund Saddler, vereitelt. Die Probe war wieder im Besitz der Sekte. Die Lage wurde allerdings noch schlimmer, als ein dritter Mann auf dem Plan trat, nämlich Jack Krauser, der sowohl für die Los Illuminados, als auch für Weskers Organisation arbeitete. Insgeheim jedoch schmiedete Krauser seine eigenen Pläne und verriet letzten Endes sowohl die Sekte, als auch Weskers Organisation.

Krausers Ziel war es, die Beschränkungen des menschlichen Körpers zu umgehen und der beste Krieger der Welt zu werden. Krausers Plan begann im Jahre 2002, als sein Arm während der Operation "Javier" schwer verletzt wurde. Diese Operation weckte in Krauser die Neugierde gegenüber den Viren, die Umbrella erschaffen hatte und deren Macht sie besaßen. Krauser inszenierte später seinen eigenen Tod und kontaktierte Wesker, um in dessen Organisation aufgenommen zu werden. Am Ende jedoch war der Beitritt in Weskers Organisation ein Fehler gewesen, da er seine eigenen Pläne nicht durchsetzen konnte.

Ada nutzte derweil das Chaos, um sich den Befehlen von Wesker zu verweigern und ihre eigenen Ziele durchzusetzen. So benutzte sie Leon an manchen Stellen, während sie ihm ab und zu bei manchen Dingen half, wie bereits sechs Jahre zuvor in Raccoon City. Ada besiegte Krauser, der im Auftrag von Wesker Leon töten sollte. Später machte sie sich auf die Suche nach Saddler, der den Kontroll-Plaga in seinem Körper aktivierte und kurz darauf mutierte. Am Ende wurde Saddler durch das Zusammenspiel von Ada und Leon besiegt.

Nach dem Sieg über Saddler nahm Ada die Probe mit dem Kontroll-Plaga an sich und floh mit einem Hubschrauber von der Insel, bevor diese explodierte. Leon konnte die Insel ebenfalls rechtzeitig mit Ashley Graham verlassen.

Ada betrog am Ende die Organisation von Wesker, in dem sie Wesker eine gewöhnliche Plaga-Probe geschickt hat. Ada war von Anfang an eine Doppel-Agentin, die vorgab, für Wesker zu arbeiten, aber insgeheim für eine unbekannte Organisation gearbeitet hat, der sie auch die Probe mit dem Kontroll-Plaga geschickt hat.

Wesker war von dem Verrat sichtlich enttäuscht gewesen, wenn nicht sogar schockiert. Am Ende gelang es Wesker auf Umwegen an eine Probe des Kontroll-Plaga zu kommen und experimentierte mit ihr. Die Resultate dieser Experimente kann man in Resident Evil 5 sehen.